Народився в сотенному містечку Чорнухи Лубенського полку, що нині на Полтавщині в козацькій родині Сави та Пелагеї. Батько Сава Сковорода був рядовим козаком, у мирний час займався шинкуванням і продажем вина в Чорнухах; помер наприкінці 1730-х або на початку 1740-х років.

У сім років Григорія віддали до чотирирічної дяківської школи в Чорнухах.

Після здобуття початкової освіти в сільській школі, з 1734 року (Григорію 12) навчався у Києво-Могилянській академії. Його навчання в Академії, з перервами, тривало до 1753-го.

Її бібліотека стала для нього джерелом знань. У навчанні був перший, і всі найкращі похвали належали йому. Протягом навчання в Академії вивчив латинську, грецьку, церковнослов’янську, польську, німецьку й інші мови, ознайомився з творами багатьох філософів та письменників, від античних до йому сучасних.

У 1741 році Григорія забрали до Петербурга для співу в придворній капелі, звідки він повернувся у 1744-му. Згодом, в 1745–1750 роках, Сковорода їде до Європи: спершу до Угорщини в складі царської місії під проводом Ф. Вишневського, далі — до Словаччини (Братислава) й Австрії (Відень).

Перебування Сковороди в Італії, Німеччині й Польщі не підтверджено документами. 

У 1753 році – повернувся в Україну, викладав поетику в Переяславському колегіумі. Писав байки, викладав стародавні мови. Сковорода написав підручник з етики. Незабаром мусив залишити колегіум, через доноси на нього.

1754 – 1759 – жив у селі Коврай на Переяславщині, працюючи домашнім учителем у поміщика Степана Томари. Написав значну частину віршів збірки «Сад божественних пісень». Працював викладачем (спочатку поетики, а згодом етики) у Харківському колегіумі. Учителюючи в Харкові, латинськими і українськими віршами написав «Байку Езопову» (1760 р.), склав дві вступні лекції-проповіді до курсу етики.

Протягом 1769 – 1774 років Сковорода написав збірку прозових байок «Байки харківські», «Бесіду, названу двоє, про те, що блаженним бути легко», і «Діалог, чи Розмова про стародавній світ», а також твори: «Розмова п’яти подорожніх про справжнє щастя в житті» («Розмова дружня про душевний світ»), «Кільце», «Розмова, звана алфавіт, чи буквар світу».

У 1775 – 1776 роках були написані твір «Книжечка, названа Si-lenus Alcibiadis, сиріч Ікона Алківіадська («Ізраїльський змій») та «Книжечка про читання святого письма, названа Дружина Лотова».

У 1785 році Сковорода об’єднав 30 віршів, написаних у різний час, у збірку «Сад божественних пісень».

У 1787 році він написав «Вдячного Еродія» і «Убогого Жайворонка», а у 1791 році завершив філософський твір «Діалог. Ім’я йому — Потоп зміїний».

Під кінець 70-х років XVIII ст., після різних конфліктів з владою, Григорій Сковорода обрав зовсім новий і незнаний до того стиль життя, а саме — мандрівку. І ця мандрівка тривала до самої смерті, майже тридцять років. Була вона повна пригод, оповита переказами й легендами. У ній ніколи не розлучався філософ із Біблією, сопілкою або флейтою і своїми писаннями. Слава про нього йшла всюди, і кожний, чи то пан, чи селянин хотів його побачити й почути. Тож аудиторія його була дуже численна і різнорідна, і всі розуміли його — речника великої правди.

Лише в 1798 році вийшов друком його «Нарциз, або пізнай самого себе», та і то без його прізвища. 

В 1806 р. журнал «Сіонський Вєстник» видрукував ще деякі його твори. 

Потім у Москві в1837–1839 рр. вийшли окремо деякі його твори, і лише в 1861 році видруковано першу, але зовсім неповну збірку його творів. Краща й більша збірка, але теж не повна, вийшла в 1896 р. в Харковіпід редакцією професора Д. Багалія. Тут видруковано 16 творів, причому з них 9 уперше! Крім того надруковано тут біографію Сковороди та деякі його вірші. 

Слава про Сковороду йшла так далеко, що про нього довідалась і цариця Катерина II, і забажала його побачити. Через свого поручника Потьомкіна вона послала Сковороді запрошення переселитись з України в Петербург. Посланець цариці застав Сковороду на краю дороги, де він відпочивав і грав на флейті, а недалеко нього паслась вівця того господаря, в якого філософ затримався.

Посланець передав йому запрошення цариці, але Сковорода, просто й спокійно дивлячись в очі посланцеві, заявив: «Скажіть цариці, що я не покину України — мені дудка й вівця дорожчі царського вінця».

Сковорода обстоював права людської особистості в кожній людині, а, в перекладі на конкретну політичну мову того часу, це означало сильну демократичну тенденцію, що була поєднана із співчуттям до закріпачених селянських мас, з гострою неприязню до московських гнобителів. В одному своєму вірші, що носив багатозначний заголовок лат. «De libertate» («Про свободу») він писав тодішнім жаргоном, винесеним із Академії

Помер 9 листопада 1794 року в селі Пан-Іванівка (зараз Сковородинівка) Золочівського району Харківської області.

На хресті над його могилою, на прохання самого Сковороди, написано: «Світ ловив мене, та не впіймав…».

Спадщина композитора, поета, байкаря і філософа Григорія Савича Сковороди є дорогим надбанням української національної і світової культури.